Absolvent Konzervatoře Pardubice a Akademie múzických umění v Praze ve třídě prof. Jiřího Válka na sebe upozornil už v době studií úspěchy v tuzemských i mezinárodních soutěžích. Sólově vystoupil s řadou těles, včetně Symfonického orchestru hl. m. Prahy FOK, Symfonického orchestru Českého rozhlasu, Slovenské filharmonie, Plzeňské filharmonie nebo Komorní filharmonie Pardubice a hrál pod taktovkou významných dirigentů (Václav Neumann, Vladimír Válek, Gerd Albrecht, Charles Olivieri-Munroe, Paolo Olmi, Leoš Svárovský, Oliver Dohnányi, Petr Altrichter, Rastislav Štúr, Marko Ivanović, Jiří Malát). Vystoupil rovněž v Německu, Hong-Kongu a v tokijské Suntory Hall se představil jako sólista v Mozartových koncertech za doprovodu Pražského komorního orchestru. Na festivalu Pražské jaro 2012 uvedl v premiéře Koncert pro flétnu a orchestr skladatele Lukáše Sommera.
V roce 1995 založil soubor Afflatus Quintet, který o dva roky později získal 1. cenu v mezinárodní soutěži ARD v Mnichově a zařadil se mezi špičková komorní tělesa evropské úrovně. Vystoupil na prestižních pódiích tuzemska, Evropy, Japonska i Austrálie, získal cenu Classic ´97 za mimořádné interpretační výkony, zejména v hudbě 20. století. V roce 1998 obdržel hlavní cenu Českého spolku pro komorní hudbu a v roce 2003 mu bylo stejné ocenění uděleno opakovaně. V sezóně 2011/12 byl ansámbl rezidenčním souborem ČSKH. Afflatus Quintet má na svém kontě osm CD pro Supraphon a japonskou společnost Octavia Records. Nahrávky souboru získaly nejvyšší hodnocení hudební kritiky.
Roman Novotný spolupracuje s harfistkou Janou Bouškovou (koncerty na mezinárodních festivalech Rheingau Sommer, Concentus Moraviae, Moravský podzim, v cyklech České filharmonie, Státní filharmonie Brno, Symfonického orchestru hl. m. Prahy FOK). K jejich společným projektům patří i dvě CD s hudbou světových autorů a nahrávky pro Český rozhlas.
V roce 2009 začal Roman Novotný spolupracovat s kolegou z České filharmonie, houslistou Jiřím Pospíchalem, a klavíristou Ivo Kahánkem. Natočili album s hudbou B. Martinů a jeho francouzských současníků. Tento projekt interpreti představili také na koncertech v České republice a SRN.
Zatím posledním nahrávacím projektem Romana Novotného je album s hudbou starých českých mistrů v doprovodu Pražského komorního orchestru.
Flétnista hraje na japonský nástroj Muramatsu. Od roku 2000 pedagogicky působí na Pražské konzervatoři.